פעילותו הציבורית בישראל
הרב ד"ר ש"ז כהנא לא היה מעולם פקיד או 'עסקן' אלא תמיד בחר את האספקטים הרוחניים בפעילותו הציבורית. יצירתו הספרותית הענפה השפיעה על פעילותו, ועסקנותו הציבורית הפרתה את כתיבתו רבת ההיקף. בפעילותו הספרותית-ציבורית התגלה כ'מעיין המתגבר', המנסה לחבר הוד-קדומים עם בניין מדינת ישראל החדשה.
בכל השנים האלה לא היה מעולם פקיד או 'עסקן' אלא תמיד בחר את האספקטים הרוחניים בפעילותו הציבורית. יצירתו הספרותית הענפה השפיעה על פעילותו, ועסקנותו הציבורית הפרתה את כתיבתו רבת ההיקף. בפעילותו הספרותית-ציבורית התגלה כ' מעיין המתגבר', המנסה לחבר הוד-קדומים עם בניין מדינת ישראל החדשה.
מנכ'ל משרד הדתות
מיד עם עלייתו ארצה התחיל שז"ך בתכניותיו להחזיר עטרה ליושנה. הוא חידש את מפעל 'ירחי כלה' (תש"ב בכפר פינס), יזם "הקפות שניות", ארגן את חגיגות "שיר הים", ובתש"ו, שנתיים לפני קום המדינה, חידש את מעמד 'הקהל' – לראשונה אחרי אלפיים שנה... – וזאת לאחר התייעצויות הלכתיות ובירורים הגותיים על סמך דבריו של האדר"ת. מאז דאג לקיים את מעמד הקהל ברוב עם. לקיום מצוה זו, שהיתה חביבה עליו מאוד, הקדיש את ספרו האחרון בבוא כל ישראל (ספרית אלינר, ירושלים תשנ"ח).
בתקופת כהונתו כמנכ"ל משרד הדתות הונחו היסודות לארגון החיים הדתיים במדינת ישראל שעיקרם מיסוד השירותים הדתיים הניתנים לתושבי המדינה והפיכתם לממלכתיים. אגב כך גם מילא שליחויות ממלכתיות כגון ביקורים בקהילות ישראל בעולם, ארגון ענייני אישות בפרס (לשם כך הוענק לו התואר 'רב ראשי לפרס' ע"י הרבנות הראשית) ומפגשים עם ראשי הדתות כמו המפגש עם האפיפיור פאולוס השני בזמן ביקורו בארץ.
חשיבות מיוחדת ראה בקשר עם יהדות הגולה ותמך בכל דרך אפשרית בחיזוק תיירות יהודית לישראל. הוא ארגן את ה"צוותא" המסורתית – סעודות ליל שבת לתיירים באווירת שבת מיוחדת. וגם לבית הכנסת ביל"ו שעמד בראשו, הגיעו מדי שבת אורחים רבים לשמוע את מקהלת הילדים בשירי תפילה ואת דרשותיו של שז"ך בפרשת השבוע.
פתוח המקומות הקדושים
ברם בתודעה הציבורית קשור מפעלו של שז"ך בעיר בפיתוח המקומות הקדושים. ואכן במסגרת תפקידיו זכו האתרים ההיסטוריים במדינה לתשומת לב רבה. המונח 'מקומות קדושים' לא נתפס אצל שז"ך כמונח הקשור לקדושת האבן או האתר. מחשבתו בעניין היתה מבוססת על הפירוש 'קדושים תהיו' – יחודיים תהיו. הוא ראה חשיבות רבה בחיזוק הקשר בין הגיאוגרפיה של א"י להיסטוריה היהודית. מימד המקום קיבל תוקף במימד הזמן. כך טיפח קברי אבות ועשה הכל כדי שההתייחסות אל המקומות הנושאים הוד קדומים תהיה חיה ומשמעותית לדורות הבנים. במסגרת תפקידו שיפץ קברי קדושים (קברי הסנהדרין, ציון החיד"א וכו'), חיזק את הפעולות סביב מערת אליהו בחיפה, קבר הרשב"י במירון ור' מאיר בעל הנס בטבריה, ולאחר מלחמת ששת הימים עסק בשיחזור בתי כנסת עתיקים שהתגלו בחורבנם (ריב"ז, רמב"ן וכו').
בספריו ובפעולותיו – שוב הלכו הפעילות הספרותית והציבורית יד ביד – חשוב היה לשז"ך להדגיש, שרוב גדולי ישראל בכל הדורות מצאו מקום מנוחתם בארץ ושרוחם שורה עליה.
סיפוריו על המקומות בישראל – ברובם אגדות המבוססות על אירועים היסטוריים – רוכזו בין השאר במספר קבצים גדולים שחולקו ע"י משרד התיירות בסדנאות למורי דרך שהבינו באמצעותם את הקשר המיוחד בין דברי ימי ישראל ובין ארצו.
מקום מרכזי תפס בעשייתו ובכתיבתו הר ציון. עם קום המדינה, כשדרכי ציון בירושלים העתיקה היו אבלות, טיפח שז"ך את הר ציון כמרכז לפעילות דתית עממית. להר ציון, לקבר דוד ולמצפה הבית (משם ניתן היה להשקיף על הר הבית) כיוון את אלפי עולי הרגל שבאו לירושלים בחגי ישראל.